Могу ли я зарегистрировать ИП в Москве, если прописан в другом городе

В Москве ваши документы на регистрацию не примут, т.к. ИП регистрируется по месту прописки физ.лица. Вам нужно подать документы в вашу регистрирующую налоговую по месту прописки, т.е. в Санкт-Петербурге. Вы можете подготовить документы в специальном сервисе и подать их посредством МФЦ, через доверенное лицо, почтовым отправлением либо воспользоваться специальными онлайн-сервисами по регистрации.